La universidad Santiago de Cali, consciente de su responsabilidad social en el aporte a la sociedad del conocimiento y en la formación integral de profesionales, fomenta la investigación en todo su ámbito y contribuye de esta forma al desarrollo de su entorno regional y nacional. Enmarcada en los propósitos de la Política Nacional de ciencia y Tecnología definidos por Colciencias y articulada a las agendas regionales de Ciencia y Tecnología prioriza la investigación aplicada, sin obviar la investigación básica realizando esfuerzos por transitar de una universidad con investigación hacia una universidad científica.

La USC organiza su actividad investigadora a través de diferentes estructuras. Entre ellas se pueden citar los Departamentos académicos, los Centros de Investigación y/o Estudio en las diferentes Facultades y los Grupos de Investigación constituidos en torno a determinadas Líneas de Investigación.

La Dirección General de Investigaciones genera condiciones para favorecer los procesos investigativos y se encarga de coordinar la promoción, el desarrollo, el seguimiento y evaluación de la investigación. La Comisión Central de Investigaciones, COCEIN, es el órgano asesor universitario a cargo de la definición de las políticas científicas universitarias, entre otras muchas funciones.